Die Geschichte des Château de Fleys beginnt mit der Ankunft von Julien Philippon in Fleys am Ende des 19.

Er kam aus Vezelay (Morvan), wo er als Holzfäller arbeitete, und ließ sich in der Region Chablis nieder.

Seitdem wurde das Weingut vom Vater an den Sohn weitergegeben.

1988 kaufte André Philippon das Château de Fleys (Sitz des Betriebs) mit seinem 1 Hektar großen Clos. Das Gebäude ist ein Jagdpavillon aus dem späten 17. Jahrhundert und gehörte dem Seigneur de Parthenay, einem Knappe Ludwigs XIV.

Im Jahr 2006 ließen Béatrice und Benoît, die Kinder von André Philippon, einen neuen Weinkeller in der Rue des Fourneaux 2 bauen, der besser geeignet und moderner ist.

Heute bewirtschaften Juliens Urenkel das Weingut (Béatrice, Benoît und Olivier, die 2007 hinzukamen), indem sie die Familientradition respektieren, aber auch modernisieren, um eine bessere Qualität der Weine zu erreichen.